臭氧的另一个重要用途是用于水处理过程中。臭氧用于洁净水、矿泉水、无盐水的消毒杀菌时，可起到杀菌、除异味、增氧和改善口感的作用；用于游泳水净化、中水回用、污水的处理时，可去除污水中难处理的化学物质，并有脱色，除异味功能；臭氧还可在循环冷却水时，阻止水垢生成、缓解设备及管道腐蚀。客观地讲，臭氧是一种、环保的杀菌剂。既然臭氧有如此多的优点，那为什么许多食品企业还不愿意购买使用臭氧发生器呢？认为，导致这种现状的原因很多，不少企业误认为“用臭氧杀菌的成本很高”，就是重要原因之一。

那么，用臭氧杀菌的成本是不是真的很高呢？事实并非如此，原因主要有：

       1、原料成本低。臭氧的原料来源充足，可以直接用空气为原料，原料及原料处理几乎不要花钱。

       2、操作简单方便，在使用微电脑控制的臭氧发生器时，可以设定工作参数，无需人员值守，可减少人工费用。

       3、可减少健康费用的支出。自动化控制程度高，人员无需呆在消毒室，且臭氧发挥杀菌作用后，会很快分解，所以，用臭氧杀菌消毒，不会对操作人员的健康产生危害，不会引发象化学熏蒸剂消毒那样的职业病。